Наблюдения в российских водах Балтийского моря большей частью выполняются ФГБУ «Санкт-Петербургский ЦГМС-Р» в рамках государственной программы на 48 станциях в течение всего года.

Всего в системе мониторинга состояния российского сегмента Балтийского моря наблюдения осуществлялись на 1 станции первой категории, 32 станциях 2 категории, 15 станциях 3 категории.В целом, программа мониторинга может меняться в сторону увеличения проводимых работ в зависимости от финансирования и поставленных отдельных тематических задач.

Система мониторинга российских вод Балтийского моря представляет собой следующую структуру:

• На акватории Невской губе к востоку от Комплекса Защитных Сооружений (КЗС) от наводнений до устья реки Нева мониторинг осуществляется на  23 станциях, включая:
  
  
  • Ежемесячные наблюдения на 1 станции акватории Морского Торгового порта – станция 1 категории
  • Ежемесячные наблюдения на 1 станции устья р. Невы
  • Наблюдения в навигационный период  с мая по октябрь на 16 станциях в открытой части Невской губы от устья реки Невы до Комплекса Защитных Сооружений от наводнений (КЗС)
  • Наблюдения в период с мая по октябрь на акватории Южной Курортной Зоны на 3 станциях
  • Наблюдения в период с мая по октябрь на акватории Северной Курортной зоны  на 1 станции
  • Наблюдения в период с мая по октябрь в районе пос. Ольгино в зоне Северной станции аэрации на 1 станции
    
    
• В восточной части Финского залива за пределами КЗС наблюдения проводятся на следующих 25 станциях
  
  
  
  • В районе Лужской губы на 2 станциях в июне, августе, октябре
  • В районе Копорской губы на 2 станциях в июне, августе, октябре
  • На мелководной части Финского залива на 6 станциях в июне, августе, октябре
  • На глубоководной части Финского залива на 5 станциях в июне, августе, октябре
  • В курортном районе мелководной зоны на 2 станциях в период с мая по октябрь
  • В районе Выборгского залива на 8 станциях в июне, августе, октябре

Наблюдения осуществляются с использованием арендованного экспедиционного судна «Мираж», в зимний период – со льда, на курортных станциях с берега. . Отбор проб воды и химический анализ проводится в соответствии с «Руководством по химическому анализу морских вод» (РД 52.10.243-92) за исключением биохимического потреблении кислорода (БПК5), проводящегося в соответствии с «Методикой выполнения измерений биохимической потребности в кислороде после пяти дней инкубации (БПКполн) в поверхностных, пресных, подземных (грунтовых), питьевых, сточных и очищенных водах» (РД 52.24.420 — 2006). Содержание нефтяных углеводородов определяется ИК — фотометрическим методом; фенола — методом хроматографии; СПАВ для Невской губы методом экстракционно-фотометрическим; хлорорганических пестицидов — газохроматографическим методом; металлов — методом атомно-абсорбционной спектрометрии фильтрованных проб воды.

Химические анализы выполняются в лаборатории гидрохимии Аналитической лаборатории (центра), аккредитованной на техническую компетентность Росстандартом и зарегистрированной в государственном реестре за номером РОСС RU.0007.510422. В Невской губе расчет ИЗВ производится с учетом БПК5 (ПДК = 2 мгО2/ л). Принимая во внимание пресноводный характер Невской губы, при расчете ИЗВ используются значения ПДК для поверхностных вод суши.